Головним героєм нового серіалу «Операція ляльковод» є майор Іван Корольов, відважно захищає країну в оперативній службі ФСБ. Корольов по справжньому відданий своїй роботі і не боїться зазирнути в очі смерті при її виконанні, навіть на самих небезпечних і складних оперативних завданнях він першим рветься в бій і завжди готовий прикрити товариша від бандитської кулі, навіть якщо це коштуватиме йому його власного життя. Одного разу наш герой вирушає зі своїми підлеглими на одну з найбільш відповідальних операцій.
Мета операції захопити відомого збройового барона і здійснити це з мінімальними втратами, але все пішло не так як було заплановано, він зі своїми бойовими товаришами виявляється в пастці, виявляється, їх вже чекали, і заздалегідь влаштували засідку для оперативників. У перестрілці із злочинцями Корольов отримує важке поранення, після цього інциденту про подальшу службі у ФСБ можна забути, і він вирішує перейти на більш тиху і спокійну роботу в спецвідділ, в якому займаються в основному аналітикою злочинів. Принаймні, так йому сказало колишнє начальство, коли вирішували, куди його найкраще перекласти. Але правда життя, виявляється, набагато суворіші, на новому місці роботи про спокійне життя можна буде забути нею тут навіть і не пахне.
По не простому збігу обставин Корабльов зі своїми новоспеченими колегами буквально опиняються в самому епіцентрі вельми неприємних подій, які були викликані великою і ретельно спланованою злочинною операцією, давнім і широко відомим в певних колах громадянином Перецкім, який вже багато років поспіль є лютим ворогом Російської федерації. Колись Перецкій і сам проживав у Росії, завдяки своєму кримінальному таланту він зміг за допомогою хитрості і злодійства заробити вельми пристойний капітал, але все пройшло не так гладко, як він хотів, побоюючись розправи та арешту, він був змушений емігрувати за кордон. Але злість в його серці ставала все сильніше і сильніше, його першочерговим завданням стало розправитися і зі своєю батьківщиною і з ворогами які на ній залишилися. І як виявляється, його ворогом номер один є не хто інший, як головний герой Іван Корабльов. Адже саме через нього тоді була зірвана нелегальна операція з терористами, яким Перецкій мав намір продати величезну партію зброї, після цього інциденту Перецкому і довелося тоді втекти з країни. Але новий план Перецкого вже набагато продуманней і хитріше в порівнянні із звичайною торгівлею зброєю, вже навчений невдачею він сплів цілу павутину їх хитромудрих задумів, які доведеться розплітати Короблеву. Але Іван звик не лякатися труднощів, він розплутає кожну справу, пов'язане з Перецкім, буде поступово крок за кроком підбиратися все ближче і ближче до ворога батьківщини, поки, нарешті, не добереться до нього і справедливість восторжествує.
Корабльов просто фанатичний у своїй роботі, коли справа стосується державної безпеки і мешканців його рідної країни, які знаходяться в жахливій небезпеці. Серіал просто наповнений захоплюючими сценами погонь і детективних розслідувань.