У другій частині трилогії, борці за свободу Нео, Трініті і Морфеус продовжують вести повстання людей проти Армії Машин. Для знищення системи репресій і експлуатації вони змушені вдатися не тільки до арсеналу чудової зброї, але і до своїх екстраординарним навичкам. Участь у місії по порятунку людської раси від її повного зникнення приносить їм більш глибоке розуміння конструкції Матриці й усвідомлення центральної ролі Нео в долі людства. Не обійдеться у фільмі і без Агента Смітта, який постане перед нами в вдосконаленої версії.