Дія нового аніме Арата: Легенда розвиваються в одній з паралельних всесвітів, в якій існують боги, керівники цим світом, людей це влаштовує і вони живуть з богами без жодних забобонів. У цьому всесвіті існує давня традиція, існуюча з незапам'ятних часів, кожні тридцять років з матріархального клану під назвою Хімея проводиться ретельний відбір з числа членів клану. Найдостойнішого кандидата, а точніше кандидатку призначають принцесою, у якої існує одна єдина завдання - служити Хаягамі і всіляко їм догоджати. І ось проходять тридцять років, і наближається день, коли повинна бути обрана нова принцеса, але існує одна невелика заковика, вибирати абсолютно не з кого, єдиним хто підходить на роль принцеси, є Арата, п'ятнадцяти років.
Все було б добре, але існує одна проблемка, Арата хлопець і зображати дівчисько не особливо йому до душі. Але представників правління клану ці дрібниці мало хвилюють. Арату одягають у жіноче вбрання і змушують будувати з себе юну леді, стільки скільки потрібно, поки члени клану не знайдуть більш відповідну кандидатуру на пост принцеси. В образі принцеси, до якого хлопець став трохи навіть звикати, він відвідує свято, де за випадковим збігом обставин він стає свідком жахливого злочину, від якого мурашки йдуть по тілу, на його очах прибирають нинішню принцесу Кокура, причому вбивство скоїли вояки з її власної персональної варти. Але найнеприємніше для хлопця те, що це звіряче вбивство вішають на нього, і все через те, що вбивці помітили його, коли він тікав, тепер в житті Арата настає по справжньому чорна смуга, кожен житель країни тепер жадає його вбити. На Арату офіційно оголошено полювання.
Ховаючись від постійних переслідувань, якимось чудодійним чином він виявляється в нашому світі, і ні де інакше, а в сучасній Японії. Аналогічно Арат в той же момент коли він опинився в нашому світі, в його світ затягнуло самого звичайного японського школяра Арата Хінокара. Опинившись в чудний всесвіту, він не міг повірити, що це сталося з ним насправді. Але його подив виявилося більше, коли він виявив, що охочих відправити його в інший світ становить буквально страхітливе кількість.