Про те, що дорослішання дітей, а особливо підлітковий період є дуже складним етапом життя, знають усі. У юнацькому віці всі проблеми і негаразди сприймаються набагато більш глибоко, ніж, наприклад, у віці дорослому. На психіку підлітка може вплинути навіть найменша образа, яку йому колись заподіяли однолітки-друзі. І образа ця може стати фатальною.
Головний герой аніме «Квіти зла» Такао Касуга славився серед друзів справжнім ботаніком і «книжковим хробаком». Юнака, інтроверта за характером, однолітки особливо не любили, і в основному він проводив час один, ковтаючи книги, найулюбленіші з яких вірші Бодлера «Квіти зла». Касуга жив у невеликому містечку серед мальовничих гір і ходив у другий клас старшої школи. Він був закоханий в красуню-однокласницю Нанако Саекі, до якої також були закохані практично всі хлопчики класу. Одного разу Такао зопалу здійснив шалено необдуманий вчинок - вкрав спортивну форму своєї коханої, навіть не уявляючи, чим йому може це обернутися. Це його діяння помітила друга однокласниця Такао Сава Накамура, яка вирішила використовувати юнака у своїх садистських цілях. Касуга ж злякався по-справжньому тільки тоді, коли зрозумів, що він потрапив в мережі брудної шантажистки.
Накамура намагається стати кимось на кшталт наставниці для героя, проте викладати вона йому буде зовсім не прагнення до добра. Сава всього-навсього бажає, щоб її теж любили, але для цього в першу чергу необхідний партнер. Партнер повинен її розуміти і не повинен володіти непотрібними цінностями, він повинен повністю віддаватися покликом свого таємничого підсвідомості. Касуга, природно, не зовсім підходить на дану роль, проте іншого «матеріалу» у Накамури немає, і тому їй доводиться працювати саме з «цим матрацом». І ось під керівництвом своєї так званої наставниці Такао починає еволюціонувати. Він розуміє, що в цьому світі забере належне місце тільки тоді, коли почне ростити ті самі «квіти зла», але тільки не книжкові, а справжні, реальні і у себе в душі. У міру того, як Касуга змінюється сам, змінюється і ставлення інших до його особистості. Навіть красуня Саекі починає ним цікавитися. Однак якою буде ціна даного перетворенню здогадатися не складно. І куди приведе Такао його нова особистість?